بالرغم من مشكلة جنوب السودان - و مشكلة السودان ككل - هي مشكلة مزمنة تسببت فيها عوامل تاريخية ، ثقافية ، دينية و جغرافية و ساهم الاستعمار البريطاني في تعميقها و ايضا ساهمت حكومات ما بعد الاستقلال بمختلف توجهاتها الفكرية و منطلقاتها الايدلوجية في زيادة تعقيدها . الا إن ما فعله نظام الحركة الاسلامية السودانية كان فعلا هو العامل الحاسم الذي قضى فعليا على أي أمل في تقارب و وحدة الشعب السوداني في شماله و جنوبه و شرقه و غربه.
اضفى الاسلاميون الطابع الديني على الصراع بخوض حكومتهم للحرب تحت شعارات اسلامية و جهادية و صور اعلامهم أن الحرب هناك انما هي جزء من مؤامرة صليبية صهيونية ضد الاسلام تحديدا و ضد العروبة - عندما ودوا مغازلة الدول العربية - و استكبارية - عندما عزفوا على النغمة الايرانية - و تحت هذه الغطاءات الايدلوجية ارتكبوا الفظائع و احرقوا القرى و مارسوا القتل بدون تمييز .
عندما يصوت الجنوبيون مع خيار الانفصال و ضد الوحدة فهم و لابد يستصحبون الذكريات الاليمة للسنوات الاخيرة التي خاضت فيها حكومة الاسلاميين الحرب ضدهم.