أصل المشكلة القبطية هو إنشقاق مذهبى مسيحى .. مصر خسرت إستقلالها السياسى قبل المسيح بـ 300 سنة ، وربما إن الإحتلال الأجنبى هو سبب قبول المصريين للمسيحية .. لأنهم وجدوا أن آلهتهم لم تحميهم من الغزو ، فأقبلوا على إعتناق الديانة الجديدة ، وكذلك لأن المسيحية هى ديانة المضطهدين

ويقال أن الإسلام أصله مذهب مسيحى منشق تطور إلى الإسلام المعروف حالياً

وحدثت نزاعات مسيحية على طبيعة السيد المسيح وعقدت المجامع وكانت هذه المجامع تأخذ برأى رجال الدين المصريين ، لكن فى المجمع الرابع رفض المجمع الأخذ برأى الأقباط ، فالأقباط رفضوا قرارات المجمع وإبتدأ الإضطهاد الحكومى عليهم .. بمعنى أن الأقباط إرتضوا الحكم الأجنبى لكن عوضوا ذلك بالدور الدينى المسيحى ولما رفض الروم قيادة الأقباط الدينية فالأقباط رفضوا الإنصياع للرأى الدينى المدعم بالدولة

فلما وصل المسلمون العرب قال الأقباط أنه عقاب إلهى للروم بسبب رفضهم الأرتودكسية القبطية