منذ البداية كانت نظرية داروين نتيجة ملاحظات علمية ولم يكن يخطر بباله اية تتداعيات دينية لها. وتماما كبقية النظريات العلمية تخضع النظرية للاختبار والنقد من المؤسسة العلمية، الا ان نظرية داروين لربما هي النظرية الوحيدة التي تعرضت للنقد ليس فقط من المؤسسات العلمية وانما ايضا الدينية، بحيث انها اصبحت نظرية " حق عام".

وتحت تأثير المؤسسات الدينية اصبحت توصف بالالحاد، واصبح يرجم العلم بالالحاد واصبح هناك رغبة لشق العلم الى علم محياد وعلم ملحد والى اخره من هذه التصنيفات لغرض زرع الالتباس.

واليوم تعتبر نظرية التطور اساس علم البيلوجيا اليوم، وهناك فروع تسمى كليات بيلوجيا التطور، وقد دعم نظرية داروين العديد من العلوم الحديثة التي لم يكن داروين على علم بها ومنها علم الجينات والمستحاثات والجيلوجيا

واليوم اصبح التصنيف اليبيلوجي يقوم على قاعدة نظرية التطور، كماى ان لدينا العديد من البراهين عن تطور الانسان الحديث وتطور الانواع اليوم وبالتالي فنظرية التطور لايحوم حولها اي شك من الناحية العلمية